2009年9月（2009年9月1日零时至9月30日24时），全国（不含台港澳，下同）共报告法定传染病567310例，死亡955人。其中，甲类传染病中鼠疫无发病、死亡病例报告，霍乱6例，无死亡。乙类传染病中除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感和白喉无发病、死亡病例报告外，其余22种共报告发病357135例，死亡923人，报告发病数居前五位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、痢疾、梅毒和甲型H1N1流感，占乙类传染病报告发病总数的93.48%。

同期，全国共报告丙类传染病发病210169例，死亡32人。报告发病数居前三位的病种依次为手足口病、其它感染性腹泻病和流行性感冒，占丙类传染病报告发病总数的92.02%。